Aucun de ces manuscrits : la Bible ne fait pas partie des livres indispensables, non plus que les Moralia in Job, un texte très apprécié dans les monastères. Il n’existe pas de Règle de saint Bernard, les cisterciens suivent la Règle bénédictine. Enfin, ils utilisent un missel propre à leur ordre.

Lambert d’Uppenbrouck a emporté des manuscrits de Clairvaux, mais il les a rachetés. Nicolas Camuzat a probablement dérobé un manuscrit du Contra dogmata Abelardi. Guillaume Libri a commis d’importants vols de manuscrits dans plusieurs bibliothèques françaises, dont celle de Montpellier et probablement celle de Troyes. Dom Rocourt a certainement détourné quelques documents de la bibliothèque et des archives de Clairvaux après 1790. Enfin, Auguste Harmand a été convaincu de vols portant notamment sur les ouvrages de Clairvaux.

Les manuscrits qui ne servent plus sont principalement recyclés. Il est imaginable que des doublons aient servi à doter de nouvelles abbayes. Il est également imaginable que certains aient été vendus, soit en tant que tels, soit pour les matériaux susceptibles d’être réutilisés.

Les livres de Clairvaux n’ont subi ni tri, ni destructions systématiques, contrairement à d’autres collections. L’importance des vols et des détournements ne peut être évaluée.