Lambert d’Uppenbrouck a emporté des manuscrits de Clairvaux, mais il les a rachetés. Nicolas Camuzat a probablement dérobé un manuscrit du Contra dogmata Abelardi. Guillaume Libri a commis d’importants vols de manuscrits dans plusieurs bibliothèques françaises, dont celle de Montpellier et probablement celle de Troyes. Dom Rocourt a certainement détourné quelques documents de la bibliothèque et des archives de Clairvaux après 1790. Enfin, Auguste Harmand a été convaincu de vols portant notamment sur les ouvrages de Clairvaux.

Les fermoirs empêchent les manuscrits de bailler, ils n’ont aucun rapport avec les chaînes protégeant contre le vol les manuscrits mis en lecture libre sur des lutrins. Le chantre, responsable de la garde des manuscrits, doit surtout en suivre la circulation et veiller au retour des livres prêtés.

Il n’existe aucune attestation connue témoignant du prêt d’un manuscrit à un érudit laïc. De même, si certains manuscrits de Clairvaux ont manifestement été cédés ou vendus, les modalités d’une telle opération demeurent inconnues à ce jour. De même, les opérations de reliure des XVIe et XVIIIe siècles sont insuffisamment documentées pour savoir si elles impliquaient un prêt de manuscrits hors de l’abbaye.

Les manuscrits qui ne servent plus sont principalement recyclés. Il est imaginable que des doublons aient servi à doter de nouvelles abbayes. Il est également imaginable que certains aient été vendus, soit en tant que tels, soit pour les matériaux susceptibles d’être réutilisés.

Les livres de Clairvaux n’ont subi ni tri, ni destructions systématiques, contrairement à d’autres collections. L’importance des vols et des détournements ne peut être évaluée.